崔茂虎在云南省二十多年任职期间，尤其是二零零一年至二零一四年，在任云南省委组织部办公室副主任、副秘书长、办公室主任、副部长期间，积极参与了对法轮功的迫害。于二零零一年四月二十二日，由云南省委组织部、宣传部、政法委、省公安厅、民政厅、人事厅、省「610」办公室，联合召开迫害法轮功表现突出的表彰大会，被表彰的「先进集体」三十个，「先进」个人一百一十名。

二零一七年五月至二零二一年五月，崔茂虎任丽江市市委书记期间，对付文德、宋南瑜、廖健甫、周富明四名法轮功学员遭绑架、判刑，负有不可推卸的领导责任。他任职期间也是丽江法轮功学员被非法判刑最多的时期，占67%。