商小云曾历任楚雄州体育运动学校党支部书记、校长，楚雄州委副秘书长、州委办公室主任，大姚县委书记，怒江州委常委、组织部长等职。二零一五年六月，任云南省委政法委副书记（正厅级）；二零一五年十月至二零二二年十二月，云南省委政法委副书记，省司法厅党委书记、厅长、省监狱管理局第一政委（兼）；二零二二年十二月二十九日至今，任云南省委政法委副书记，省监狱管理局第一政委（兼），政协云南省第十三届委员会各专门委员会社会和法制委员会副主任。

商小云自二零一五年任云南省政法委副书记、司法厅厅长以来，积极执行中共对法轮功学员邪恶迫害政策，直接策划、指挥司法及监狱系统，残酷的迫害法轮功学员。云南省第一监狱、云南省第二女子监狱是云南省监狱迫害法轮功学员的黑窝。

云南省第一监狱集中关押全省各地被非法判刑的男法轮功学员，为了逼迫法轮功学员放弃信仰达到“转化”，从二零一九年开始，对法轮功学员的迫害换了新的手段，更加残酷、隐蔽。

被劫持到该监狱的法轮功学员，不“转化”的全部关押在集训监区，每人由四名新入监的犯人进行“包夹”，从早上至晚上（吃饭由包夹打来），强迫法轮功学员长时间坐在小凳子上，包夹分坐在前后左右，前边包夹往后仰，后边包夹用膝盖顶，左右边包夹用手臂挤，使人处于非常难受的状态，以此来逼迫法轮功学员放弃信仰。其它手段还有洗脑、关禁闭、体罚（在太阳下罚站等）殴打、随意喷辣椒水、电棍电击等。

二零二二年五月份左右，监狱教育科（监狱六一零办公室）想出了更邪恶的办法，专门选了一栋楼，狱警把不“转化”的法轮功学员带到这栋楼的大厅里，从早到晚上十点钟强迫看污蔑法轮功的资料、视频等。每天还要求写认识、思想汇报。一直到法轮功学员违心的转化后才结束。如果法轮功学员不转化，就跟着下一批的在这个洗脑班继续转化。

云南省第二女子监狱是关押全省被非法判刑的女性法轮功学员。该监狱直接听命于云南省六一零办公室，其迫害有一套自上而下的严密邪恶体系，监狱入监集训监区（九监区）专门设置一个迫害法轮功学员的“专管队”，在其它监区，也设有专职包控法轮功学员的狱警。

女子监狱的党政头目、教育科负责人，各监区的负责人和专管队的狱警们为了完成上级下达的“转化”、“攻坚”任务，成为六一零办公室操控下的打手。她们体罚虐待法轮功学员，采用各种或赤裸裸或隐晦的方式对坚持信仰、不“转化”的法轮功学员实施残酷的肉体折磨和精神摧残，从而逼迫她们放弃对“真、善、忍”的信仰。

该监狱《罪犯分级管理实施细则》第二章第六条第七款规定：“法轮功人员不认罪伏法的实施严管”。这条违法私定的对“法轮功学员的严管”制度，采用关禁闭、坐小凳，电击、毒打、吊铐、打毒针（注射不明药物）、野蛮灌食等酷刑，体罚虐待折磨法轮功学员；用长时间不让睡觉、限制上厕所等手段剥夺人的吃、喝、拉、撒、睡、洗等基本生存权利，使人的尊严和人的基本权利全部丧失。

九监区自二零一九年下半年开始设严管监室，专门迫害法轮功学员，还分成“一级严管”、“二级严管”，严管迫害十分邪恶：每天罚坐十六个小时。到晚上九点半才可以去厕所接半盆水，回严管监房洗漱。每天只能上四次厕所。严管期间，每个星期只能洗一次澡，只有七分钟时间，还包含洗内衣裤。一级严管不可以去洗漱间洗漱，只用半盆水在监室洗漱，晚上被罚坐到十二点。曲靖市法轮功学员何莉春一直被一级严管，每晚被罚坐到十二点，几乎每天被罚坐十九个小时。女子监狱目前仍非法关押着二十多名法轮功学员。

据不完全统计，商小云任期内至少有石建伟、李培高、吴广成、朱艳东、丁桂英、廖健甫、张世宁、张公勤等九名法轮功学员被监狱迫害致死或出狱不久离世，更多人因遭受身体和精神的双重折磨导致身体伤残、衰弱、罹患多种疾病、生命垂危等。商小云应对其任职期间，云南省司法、监狱系统发生的对法轮功学员的迫害负有不可推卸的责任。