1999年7月,中国邪恶之徒开始对法轮大法实施全面迫害,从此孙元武家不断遭到当地政法委、610办公室、街道居委会、派出所等不法人员的骚扰、迫害。孙元武的家人多次被非法关押、洗脑,期间被勒索钱财近万元。孙元武的父母为躲避迫害被迫流离失所。因为孙元武行动不方便,政法委和”610”竟专门在他家办了一个“转化”班,强制洗脑。
2004年过年前三天,国保大队恶警白仁夫、朴成德、崔成浩在光天化日之下又绑架孙元武的父亲和妻子,剩下截瘫的孙元武一人在家,长达两天无人照管。两天后孙元武坐着轮椅和母亲到公安局去要人,而公安局长冯刚却下令将母子二人非法拘禁在公安局阴冷的后院。一个月后,公安局勒索四千元钱,才将孙元武的父亲和妻子放回家。
2004年夏天,孙元武家被迫举家搬迁,家人尚未稳定下来的时候,恶人又千方百计找到他家骚扰,原居住地居委会书记孟彩霞也以各种名义打电话骚扰,恶警李金友带人抄家,610办公室副主任毕文革带人到孙元武家骚扰,后又带一帮败类到孙元武家里办“转化”班。
由于重重的迫害与骚扰,孙元武身心受到严重伤害,健康急剧下降,于2005年大年初一晚上含冤离世。