1999年7.20大法被诬陷后,李万云进京上访说明真相,10月份被北京恶警抓捕,被长春二道分局非法带回后拘留15天。在非法拘留期间,因他坚持信仰,单位邪党人员将他开除工职。
2000年春,李万云向世人讲真相,被非法劳教1年,被劫持至长春黑嘴子劳教所,后又转到臭名昭著的奋进劳教所继续迫害。在狱中,李万云被迫害的全身长疥,流脓,穿不上衣服,于2000年11月被释放回家。
2002年因他仍然坚持信仰法轮大法,被非法劳教三年,在长春市朝阳沟劳教所被恶警残酷迫害,导致身体羸弱,2003年6月保外就医时奄奄一息。
回家后,李万云身体非常虚弱,完全不能进行正常的工作与生活。
在第二次劳教前,公主岭市岭西派出所不法警察去他家非法搜查,抄走存折1个,存款1万多元,现金4千多元,以及其它小收音机等物品多个。家属曾经多次去公安局索要被搜刮的钱物,但是公安局抵赖只承认搜走12000元,而且只返还6千元。
2006年8月3日,李万云终因被恶党迫害病情严重,无钱医治而含悲离开人世。