一九九九年七月二十日法轮功遭到非法镇压后,吕仁清决定去北京上访,但到北京之后,还没等他走入信访办,就被等在那里的警察抓捕,送回新宾县、关押在看守所数日。半月后,他再次到北京去上访,几天后(一九九九年九月九日)再次被抓捕回新宾,被非法劳教二年,关押在抚顺劳动教养院。
在吕仁清从教养院被释放回家后,也就是二零零二年三月上旬的一天上午,新宾县大四平镇公安分局的局长郭健、赵亚忠等四、五名警察,闯入吕仁清家中,将吕仁清以欺骗的手段绑架,在送往新宾县看守所时,吕仁清正念走脱,从此被迫害的流离失所。
二零零二年七月一日,吕仁清在抚顺市讲真相时,又被抚顺市公安一处的恶警绑架。当时几个恶警将其毒打、酷刑折磨,后被送到抚顺市第二看守所,吕仁清在那被迫害四个月,浑身长满疥疮。吕仁清被非法判刑后,送到沈阳大北监狱迫害。同年十二月份,又被转押辽阳铧子监狱。
在铧子监狱的几年中,因他不放弃对“真、善、忍”的信仰,监狱里用尽酷刑,长期对吕仁清进行惨无人道的折磨,多次毒打,蹲小号,暴力灌食等。
大约在二零零四年九月二十七日早晨,在恶警的唆使下,三个监控法轮功学员的恶徒(犯人),将吕仁清骗至一个无人的监室,用麻布将他的嘴堵住;然后,三个恶徒同时施暴。吕仁清被打的遍体鳞伤,而且两根肋骨被打折了,三个恶徒将他抬回监室。过了一会,专门管法轮功的恶警王建军、许长海,叫吕仁清到办公室,此时吕仁清已无法走路,每动一下浑身疼痛难忍。恶警就叫三个恶徒将吕仁清抬到办公室,后来恶警怕别人看到吕仁清被打的惨状,又将吕仁清抬到窗户根底下很隐蔽的床上。
这次迫害造成吕仁清一个多月不能生活自理,在这种情况下邪恶之徒仍没有停止对他的折磨,恶警逼他每天坐小塑料凳(一种体罚)。吕仁清因被打,曾多次提出去医院检查,监狱一拖再拖,待吕仁清身体微有好转,再提出被打时,恶警流氓似的抵赖说:“谁打你了,谁迫害你了?”
吕仁清从二零零五年九月份开始吐血,呼吸困难,监狱从来没有给检查治疗。二零零七年十二月份,他的病情加重,又开始吐血,监狱仍然未给予治疗,致使吕仁清的身体越来越虚弱。
二零零七年十二月九日,邪党人员又将吕仁清转移到大连市甘井子监狱继续关押,在吕仁清病情非常严重的情况下,仍然逼迫他下车间干活。二零零七年十二月末,又将其转押到辽宁省铁岭监狱。后经医生检查,发现吕仁清的肺部有一个很大的洞,随时有生命危险,随后下了两次“病危通知书”,但监狱拒不放人。
直到二零零八年三月十日,在家属的强烈要求下,才将吕仁清从铁岭监狱直接送到铁岭市结核病医院抢救,因胸部积水太多,整个心脏被挤偏移,医生再次下了“病危通知书”并做了手术。吕仁清于二零零八年四月十九日含冤离开人世。