1999年七·二零后,李军峡被武汉市公安局一处非法关押在武汉市公安局疗养院内(武汉市第二看守所旁)“监视居住”,于2000年1月17日解除。解除“监视居住”后,武汉市公安局一处还威胁她:如不放弃对大法的信仰,要采取株连政策,将工商银行堤角分理处所有工作人员的年终奖金扣发,并逼迫她辞职。
2000年11月,李军峡因与同修交流被抓,被非法劳教一年半,非法关押在武汉市何湾劳教所八大队。后提前得以释放。
2001年9月11日,李军峡去看望刚被释放回家的法轮功学员,遭非法逮捕,又被非法劳教一年半,被非法关押在武汉市七处一所女子看守所内。在此期间被关禁闭迫害达一年之久。
2003年7月15日,李军峡回河南老家探亲讲真相,被河南渑池县610组织和渑池县公安局内邪恶之徒绑架。又被非法抓捕并关押于武汉市第一看守所,一个月后又转到武汉市江岸区谌家矶洗脑班继续迫害。这次被强制妥协后,李英杰等人还要办她的“走读洗脑班”,并要她参与迫害其他被非法关押的法轮功学员,李军峡因不愿助恶为虐、不愿违背自己的良心,被迫流离失所。
2005年她流落到福建省厦门市的一家茶馆打零工来维持生活。
2006年12月底,她购买去北京的火车票,只因使用的100元人民币上写有真相的标语,武汉市江岸区“610”又再次将她从厦门绑架回武汉,再次非法关押在武汉市江岸区谌家矶洗脑班,洗脑班头目李英杰伙同犹大龚良汉等人参与迫害,他们对法轮功学员采用的迫害手段有:不让睡觉、罚站、使用暴力等手段逼迫人妥协后,反覆看诽谤大法的东西、不停地写思想汇报、交代问题、出卖其他法轮功学员。
就在谌家矶洗脑班上,李军峡被四肢分开铐在床上长达十多天,铐子都深深的扎进肉里,骨头都露出来了。两脚脖子上的肉都是黑的。在四肢无法活动的情况下李军峡口渴要喝水,“陪教”竟然拿起小便盆给她灌尿喝。李军峡最后被迫害的精神失常,经常把自己衣服脱掉在地上打滚,但李英杰、龚良汉等人仍不罢休。2007年5月李军峡才被释放回家。
2008年7月5日,李军峡在武汉市武昌区胭脂路武警医院发放真相光盘时,被医院不明真相的保安举报,后被粮道街派出所绑架,非法关押在二子沟第一看守所,非法关押半个月,2008年7月20日,李军峡的表妹从福建赶回来到看守所接她回家,刚上车就被几个便衣警察拉到一旁早已等待在那的警车,被非法劫持到武昌杨园洗脑班。其精神再度失常。直到“奥运”结束之后的8月26日才将她释放回家。回家后的李军峡时而清醒,时而说些莫名其妙的话。
多次关押折磨,李军峡被迫害的精神失常,于2008年11月7日离开人世。