孙小军因修炼法轮功而被多次非法关押、劳教、判刑。2007年6月5日，被富阳市610、公安局、浙江省公安厅又一次绑架，非法关押于富阳市看守所；2008年1月17日被非法判刑4年6个月。2008年5月14日，孙小军被非法关押到浙江省临平市第四监狱。遭受一年多的折磨和摧残，一直被困于监狱的医院，被注射不明药物，一个原本有130多斤重，健康的小伙子被迫害得面黄肌瘦，只剩70多斤。

家人多次要求保外就医，临平市第四监狱恶警一直不肯，后为了不背责任，在2009年4月16日同意让孙小军回家。没过几天，恶警怕他回家恢复健康后与其他的弟子相处，又一次把他强行绑架于浙江省第六人民医院，为了不让他恢复健康，每天加倍注射不明药物，使他变得神志不清，就连大小便都在床上。家人要求出院，可浙江省公安厅的邪恶头子想尽办法不给出院，还要求医院的医师用各种方法让孙小军留在医院。

2009年6月30日，孙小军回家后一直不能吃东西，就连喝水都吐，大小便都在床上，胡话连篇，身体一直抽筋，最后于7月15日晚上11点多含冤离世。