1999年邪恶迫害大法后，董秀芹曾于99年9月去北京证实法，被非法抓捕后送回当地，当时戴着手铐。后被非法拘留，并送洗脑班继续迫害，一个月后，10月22或23日，被劫持到吉林市第三看守所非法关押。董秀芹在看守所坚持讲真相，几个月后被无条件释放。

从看守所回家后，董秀芹成为街道、派出所的重点迫害对象，经常被骚扰。家里亲人不堪忍受骚扰迫害，把她长期锁在家里。她找机会出去散发真相资料，并曾于2001年秋天与另两名大法学员去蛟河市讲真相，被人举报，其中一人被抓。后来，不法人员要抓董秀芹，她从此被迫流离失所一段时间。

董秀芹回家后被家人看管得更严了，后来，董秀芹身体出现严重病业状态，肚子里肿瘤有鸡蛋大，通过学法炼功好了。但后来腰侧长二碗大肿瘤，以致生活不能自理，手术后刀口不合口，家人强迫她看病用药，董秀芹身体腹水、浮肿，于2004年11月去世。