1999年中共开始迫害法轮功。为了说句公道话,马宝生于2000年11月进京依法上访。在天安门广场被武警殴打并被非法绑架至站前公安分局。后被乐园良种场恶警徐志刚等人劫持回肇州县看守所,非法关押1个月。
2000年12月马宝生再次进京依法上访,在天安门广场遭恶警毒打,被劫持到朝阳看守所,遭毒打、冷冻、不许睡觉、背铐等酷刑。2001年腊月被劫持回肇州县看守所,他绝食抗议非法迫害。恶警王忠将他手脚铐在床上,用木棍撬开他的嘴,把成袋食盐往他嘴里倒,并灌凉水。
2001年初马宝生被非法劳教一年,关押在大庆劳教所。在那里,由于他坚信“真、善、忍”,不放弃做好人的权利,而被施以冷冻、上绳等酷刑,致使上肢失去知觉,三个月后才有所恢复。
马宝生从劳教所回家后,经常遭到当地派出所恶警上门骚扰,身心受到极大的摧残后,在不能正常炼功的情况下,又患上严重的肺结核病,于2005年1月4日含冤去世。