1999年7月20日江氏集团开始迫害法轮功，当时科学院和科院路派出所对修炼法轮功的学员逐个登记、审讯，逼着写检查、写保证。对佟瑞连更不放过。她受益那么大，对突如其来的镇压怎么也理解不了，为什么这么好的功法不让炼，当权者为什么要置法轮功于死地？她带着许许多多的迷惑不解，于1999年10月进京上访。

佟瑞连哪里知道在中国根本没有老百姓讲理的地方，刚到北京就被抓，后被科院路派出所押回，先罚款5000元，强迫写保证，因为不写被单位扣押不让回家，非法关押在能源所桑乐太阳能公司的一个又黑又小又阴冷的小屋里，寒冷的冬天零下十几度的天气始终被锁在大铁栏杆门里面，由传达人员看着，能源所书记王春光对传达交代，凡是炼法轮功的人都不让见，过年也不让回家，家里人给她送饭吃，在这样的环境下被非法关押4个多月（99年11月—2000年3月）。

2000年7月份，佟瑞连因不放弃修炼，在千佛山公园炼功被抓，科院路派出所又把她送到张庄拘留所，同时被送拘留的人还有6人，强制劳动15天，期满又送科学院招待所非法关押17天，办洗脑班。

2000年10月，佟瑞连因到北京上访被抓，被科院路派出所押回，在该所被折磨了7、8天后，送拘留所强制劳动15天，后又送到刘长山看守所，因受不了高压迫害旧病复发，高血压、心脏病，看守所不收，又送郭店洗脑班，因佟瑞连不放弃信仰被送王村劳教所劳教三年，但因身体极度虚弱，劳教所不收，又被送到劳改局医院，在劳改局医院非法关押5、6个月，被折磨的身体越来越差，生活不能自理，后通知家人接回。在千佛山医院、省中医院几次住院，几个月的治疗也未能使她康复，长时间的折磨使她的身体真的不行了。

就在最后她的生命奄奄一息的时候，单位的领导还去找她谈话，说：“你只要说句不炼了，就把你的医药费全部报销。”她坚强不屈。几天后，佟瑞连被迫害致死。

几年来佟瑞连的医药费大概在10万元左右，单位都没给她报销，四年多不给发退休金。这是为什么？就是因为她不放弃修炼，就是因为她要按照真善忍做个好人。