一九九八年至二零零一年二月任云南省委常委、玉溪市委书记、市长；二零零一年二月至二零零三年六月任云南省委常委、秘书长；二零零三年六月至二零零七年十二月任云南省委常委、昆明市委书记；二零零七年十二月至二零一五年十二月任河北省委常委、省政府副省长、党组副书记。

一九九九年“七·二零”中共迫害法轮功开始，杨崇勇任玉溪市委书记、市长期间，就追随江泽民集团积极参与迫害法轮功，特别是二零零零年玉溪市十多名法轮功学员到北京上访期间遭到警察殴打、绑架、关押，被公安带回云南玉溪后又被非法关押或劳教。其中普志明、玉溪市妇幼保健院主治医师沈跃萍和丈夫被劳教三年，后沈跃萍被迫害去世。

二零零一年至二零零三年六月杨崇勇任云南省委常委、秘书长期间，是云南迫害大法弟子最疯狂的时期，尤其对云南法轮功学员搞非法转化，全省举办了二十多期洗脑班，导致二十二岁的科技大学学生谢宏宇在不断洗脑迫害中精神失常，二零零一年八月二十三日不幸去世；搞所谓揭批挑动民众仇恨法轮功；搞所谓“边疆万里行科普大篷车”，“专家宣讲团”，《反对××，崇尚文明》大型展览，“杜绝××进我家”，污蔑法轮功的“知识竞赛”等，将这场对法轮功的迫害推向各行各业，各个民族，使云南数千万人受到欺骗和毒害。作为省委秘书长，是迫害法轮功的具体执行者。

二零零三年六月至二零零七年十二月，杨崇勇任云南省委常委、昆明市委书记期间，是昆明绑架法轮功学员最多的时期，多名法轮功学员被迫害致死。尤其二零零四年底《九评共产党》发表后不久，云南对法轮功学员施行大抓捕，重点旨在压制《九评》的扩散和传播。仅仅是二零零五年一月全省就有四十四名法轮功学员被绑架劳教、判刑。

二零零七年至二零一五年，杨崇勇调任河北省委常委、省政府副省长、党组副书记期间，积极参与迫害法轮功，在明慧网上可以看到河北省绑架法轮功学员的责任人中可见到副省长杨崇勇的名字。