吉林于1998年10月任北京市密云县委书记，不久江泽民发动了对信仰真善忍的法轮功团体的迫害，其后他紧紧追随江泽民，疯狂迫害当地法轮功学员，为自己在官场节节升迁捞取政治资本。从1999年至2004年，即吉林任密云县委书记和北京市政法委书记期间，密云县成为北京市迫害最严重的地区。在密云任县委书记期间，他亲自策划、指挥对法轮功学员的迫害，过问每个被绑架法轮功学员的情况，并参与每个被迫害学员判决结果的审定。

吉林凭借其岳父的势力，2002年调任北京市政法委书记，2004年4月即升任北京市副市长，继续迫害法轮功，2005年年初又指挥了北京的大抓捕行动。

在此仅列举2000年12月-2001年3月四个月间抓捕的法轮功学员被判重刑情况：（不完全统计）
1.密云县巨各庄乡4名法轮功学员分别被判3-4年；（明慧有报道：“2001年1月16日大法弟子柴桂今、柴桂如、李敬春、焦淑贤被非法判刑3年以上，其中柴桂今被非法判刑4年，现被关押在天津茶淀。”）
2.来密云悬挂横幅大约5名石景山区法轮功学员（其中有一名沈姓女学员）分别被判3-5年（未见报道）；
3.密云县鼓楼南区的一名年过六旬的何姓女学员被判7年（未见报道）。