二零零零年六月，三十七岁的苗仲华经过「一推双考」 担任山东省德州市副市长，之后又先后担任德州市委常委、秘书长、市委副书记、常务副市长，山东省林业局党组副书记、副局长（正厅级），二零零八年六月任山东农业大学党委书记（正厅级）。

农业大学附校书记朱传祥极为仇视附中教师、法輪功學員王秀平。二零零八年扣了她五千元的阳光工资，还向农大书记苗仲华进谗言，苗仲华授权朱传祥：再有什么风吹草动就借机开除她。

二零一零年一月，苗仲华将农大附校坚持修炼法轮功的一位女教师开除公职。苗仲华任德州市副市长、山东农业大学党委书记期间，利用职权为他人牟取私利，各项受贿合计人民币一百二十余万元。