杨有林从一九九九年开始主管迫害法轮功。

为了捞取快速向上爬的政治资本，杨有林采用了种种手段迫害大法弟子。对修炼法轮功的干部职工及其家属，杨有林指挥恶人非法拘禁十余人次，非法抄家二十多人次，罚款多达十几万。

对被非法判刑关押的大法弟子，杨有林采用了包夹、洗脑等手段施行迫害。

二零零一年，杨有林还从济南、王村劳教所找邪悟人员到潍北给大法弟子洗脑。