任职期间，受中共政法委，610办公室的胁迫，一直参与迫害信仰真善忍的法轮功学员，先后参与对数十名法轮功学员的非法判刑，最高达十多年之久，给法轮功学员和亲人带来了经济、身体和精神的极大伤害，致使法轮功学员家庭妻离子散，家破人亡。

据不完全统计，在明慧网曝光的被于长城参与非法判刑的法轮功学员有如下（还有秘密非法判刑的没被曝光的不知有多少）：

白山市法轮功学员杨秀文、李博、陈立国于二零零六年四月十七日被新建公安分局雷鹰，鲁德和等恶警毒打、绑架、构陷。二零零六年十一月，他们被邪党八道江区法院非法分别判刑九年、五年、五年。参与迫害的有审判长：于长城；审判员：王永林、高原嵩，书记员：张大海。八道江区检察院检察员：兰舰。开庭前不让请律师，未通知家属，五十多个警察把守，进行秘密审判。

法轮功学员刘照建在二零零一年一月挂真相条幅时，被白山市红旗派出所蹲坑的警察非法抓捕，在白山市刑警队和看守所里，\被折磨得长时间生活不能自理，后被非法判刑六年送往吉林市监狱，最后又被转到长春铁北监狱。

二零零八年八月六日，白山市七道江镇分局非法抓捕法轮功学员张瑾、崔国荣及家人。崔国荣被非法判刑四年。后来被绑架到公主岭监狱继续迫害成严重结核病，生命垂危被放回家不久后含冤离世。

白山市江源县石人镇大石棚子法轮功学员姚巍茂(女)，于二零一六年一月七日，因做法轮功真相资料救人被白山市浑江区法院非法庭审，被非法判刑八年。

白山市法轮功学员矫凤珍、李桂荣，因坚定自己对真善忍的信仰于二零一六年一月七日，被白山市浑江区法院非法庭审，非法判刑三年。

二零一五年六月二十四日，法轮功学员孔庆兰（七十岁）因讲真相，被吉白山市八道江区法院非法判刑三年半。

二零一五年七月，法轮功学员贾秀凤（七十岁）、宫秋敏（残疾）等人被非法判刑三年以上。

白山市法轮功学员迟民祥于二零一七年十月三十日被非法判刑五年、勒索罚金五千元；张克阳被非法判四年、罚金四千元；六十多岁的丁玉明、李新文被冤判一年、罚金一千元。

二零一七年六月二十六日下午，白山市浑江区法院法官于长城传法轮功学员李艳过去取传唤书，准备六月二十九日上午九点开庭，只让两个家属到庭旁听，问李艳对起诉书有什么异议，李艳说里面很多与事实不符，法轮功不是“邪教”。（法轮功教人向善，中共是真正的邪教）于长城说如果李艳在法庭上也这么说，肯定被判刑，并问李艳还炼不炼？李艳说“炼”。于长城生气的走了。决定给李艳判刑。于长城迫害法轮功十几年了，上次撵走了正义律师。

二零一七年六月二十九日上午九点三十分，吉林省白山市浑江区法院开庭非法庭审法轮功学员刘广海、李艳，过程中只许法官于长城问、他们回答，时间非常紧促。有法庭人员说，怕时间长了法轮功学员讲法轮大法好，于长城不准他们说大法好，大法如何祛病健身，只能回答他们提出的污蔑大法的话和那些所谓的证据，刘广海辩护中刚刚提到法律条文就被于法官制止，不准说法律，不准用法律辩护，李艳提出很多异议，把不合理的证据否了，有时气得于法官直瞪眼睛。法院旁听的除了两名家属，都是他们安排的自己的人，有的在玩手机，于法官提醒了一次，用消防车押送刘广海，道路戒严，刘广海戴着手铐和脚镣，手铐和脚镣连在一起，光头，眼睛通红。这次审判结束，下次再通知开庭。