担任吉林省检察院检察长期间，杨克勤操纵、指挥吉林省及下辖检察院非法起诉法轮功学员，发生多起法轮功学员因被非法起诉而遭到法院冤判案例。据《2018年上半年吉林省法轮功学员遭迫害综述》和《2017年吉林省法轮功学员遭迫害综述》显示，仅二零一八上半年吉林省法轮功学员被检察院非法起诉、法院非法判刑有19人次，仅二零一七年被非法起诉、冤判就有100人次，即二零一七年至二零一八年上半年合计吉林省法轮功学员被检察院非法起诉、法院非法判刑就达119人次。