1995年月～1999年12月，任深圳市公安局福田分局政委兼局党委副书记、纪检书记

1999年12月～2001年8月，任深圳市公安局局长助理

2001年8月～2009年7月，任深圳市公安局副局长、党委委员

2009年7月～2011年12月，任深圳市政府副秘书长（正局级）、市政府打击走私综合治理领导小组办公室主任（兼）

2011年11月～2015年8月，任深圳市南山区委副书记、南山区政府党组书记、代理区长、区长

2015年8月～2018年12月，任深圳市龙华区区委书记

2018年12月，深圳市委常委、政法委书记

余新国在2018年12月任中共深圳市委常委、政法委书记期间，主导、推动迫害深圳市众多的法轮功学员。根据明慧网报道的不完全统计，在余新国任职的二年期间，被非法判刑的法轮功学员9人、被绑架的法轮功学员32人、被骚扰的法轮功学员无数。尤其是对法轮功学员非法判重刑，最长的被非法判刑8年。

一、被非法判刑的法轮功学员

1、法轮功学员杨波被非法判刑八年，被劫持到韶关北江监狱迫害
2017年10月7日，深圳市法轮功学员杨波、肖颖夫妇在家中遭深圳南山区国保和高新派出所警察暴力绑架，并被非法抄家。
2018年8月9日，深圳市南山区法院非法庭审。2019年秋冬间，杨波被非法判刑8年。他上诉后，二审非法维持原判。12月14日左右，杨波被劫持到韶关北江监狱迫害。杨波的妻子肖颖被非法判刑两年，已到期回家。

2、法轮功学员傅秀芳被非法判刑三年三个月
2018年10月25日，在深圳市莲花北地铁站出口，潮汕籍法轮功学员傅秀芳被便衣警察绑架，后被非法抄家，被抢走真相服务器、法轮大法书籍等。
2019年4月18日，傅秀芳被深圳市南山区法院非法庭审。2019年秋冬间，傅秀芳被非法判刑三年三个月。傅秀芳上诉，二审非法维持原判。

3、法轮功学员张可辉、刘佩钦被非法判刑
2019年12月17日，74岁的张可辉老人被深圳市南山区法院非法判刑三年三个月；67岁的刘佩钦老人被非法判刑一年零七个月。二人已上诉。刘佩钦12月29日到期回家。
张可辉和刘佩钦，先后于2018年5月29日、30日被福田区警察绑架，被非法关押5个多月后，被构陷到南山区检察院。检察院曾两次退侦。
2019年4月18日，两位老人被第二次非法庭审。在非法开庭前，深圳市南山区公检法人员又违法绑架旁听者。刘佩钦的女儿与一朋友被劫持至南山区高新派出所，直至七点庭审结束，两人才获释。

4、澳洲居民、法轮功学员尹森被劫持，被非法判刑
2019年2月4日，澳洲居民、法轮功学员尹森女士回辽宁大连探亲，在深圳机场被深圳边检人员非法扣押，临时非法拘留。
2月13日，尹森被大连国保劫持回大连看守所。当月，尹森即被非法批捕，后被大连沙河口区法院非法开庭。7月被非法判一年。9月中旬，尹森被劫入辽宁女子监狱迫害。

二、被非法庭审的法轮功学员

易伟军、和昭含、周小倩、蓝姓学员（可能叫蓝海萍）、史佩苓、吴锐、李瑞华、谢万猛、管怡博、田碧清、罗植尹。

三、被非法起诉的法轮功学员

姜雪、盛丽、林乐宏、马小平、李兰、薛爱梅、黄亚莉、孙雪新、唐海海（市教育局副局长、国内教育专家）、梁展鸿、付正萍、车阿姨、童素清、赵也岚、谭俊华。

四、遭骚扰的众多法轮功学员

1、高淑华被跟踪骚扰
2019年7月18日，宝安区新安街道工作人员吴智博约谈法轮功学员高淑华、王利林，未果。当晚，高淑华家人和车辆出入都有人跟踪，经询问，是新安街道的工作人员。
2019年9月13日（中秋节）到10月8日，宝安区新安街道、安乐工作站、新乐派出所在物业的配合下，24小时三班倒跟踪高淑华及其家人和自家车辆的出入。每次换班期间对人、车拍照。

2、深圳英语培训教师王利林被骚扰近半年
法轮功学员王利林租住宝安区新安街道洪浪社区工作站云涛大厦。多次被非法跟踪、骚扰、拍照、闯入搜查、问询等等，王利林的培训中心被迫强制退租，损失数千元。

3、韩雪娇被骚扰
民治街道办与民新派出所警察电话恐吓、威胁韩雪娇，不写“四书”，就要继续干扰她的正常生活与工作，甚至更严重。
2020年10月21日，韩雪娇的家属接到深圳市政法委的电话，说韩雪娇的户籍被注销，让家人到当地派出所办理复户，并声称已注销一个月。