2001年4月至2011年5月，任国家宗教事务局副局长（迫害证据：2006世界佛教论坛刊物）、党组成员兼机关党委书记，期间兼任局办公室主任、培训中心主任，兼任中华宗教文化交流协会副会长、秘书长，中国和平统一促进会常务理事，中国对外友好协会理事；（2011年5月经上级组织部门批准，齐晓飞交流到国务院国资委中国铁道建筑总公司任党委副书记、纪委书记，试用期一年（2011年5月至2012年4月）。不再担任国家宗教事务局党组成员、副局长职务。），期间，齐晓飞积极追随江泽民集团迫害法轮功，利用各种场合和机会推行迫害政策，尤其在2006年中国大陆举办的“世界佛教论坛”期间，积极会同中央“610”办公室推动和胁迫海内外佛教界诽谤法轮功，把对法轮功的迫害延伸到国际社会。

2018年3月20日，齐晓飞任中粮集团有限公司外部董事，聘期至2019年11月。