二零零零年四月十一日张丽慧去北京上访，想为大法说句公道话，在天安门广场被绑架，四月十五日被接回当地，被兰州市安宁区刘家堡派出所以所谓“妨害社会管理秩序”的莫须有的罪名，非法拘留十四天（四月十六至三十日）。

张丽慧回单位上班后，农科院院长冯应新在单位成立转化小组转化她，在二零零零年五月八日至七月三十一日期间，三天两头让转化小组人员找她谈话，转化她。七月十四日，她被冯应新叫到办公室，让她看已经预先拟定好了的“开除留用察看一年处分”的文件，并最后谈话，让她放弃修炼大法，如若不愿放弃，就要按照文件处分内容执行。张丽慧依然不愿意放弃修炼大法，结果被处分。

因张丽慧单位派人从北京接她，来去共花费2955.60元，为扣回这部份钱，二零零零年四至六月份三个月没给她发一分钱工资，七月份只发645.20元，后来四至六月份每月补发生活费220元，二零零零年八至十二月份每月仅发350元生活费，二零零一年一至十月份每月发388元生活费。给她张丽慧生活造成很大困难。

从二零零零年十一月起，张丽慧的工资由原来的助理研究员四级降至助理研究员一级，二零零一年一月、二零零三年一月两次没有给她调工资，共少五级工资。

二零零一年十一月十九日，张丽慧回原单位甘肃省农科院上班。她原在单位机关人事处工作，这时让她去院属的研究所土肥所上班，象她这样从机关调至研究所工作的人在单位属首例，其他人员都是提拔到研究所里当领导，所以实质是把她“下放”到了研究所。

二零零六年七月工资改革以后，因张丽慧曾被劳教降四级工资，被处分降三级工资，至今一直少七级工资。