2000年下半年开始全权负责迫害法轮功学员,在它的操控下,恶徒强迫法轮功学员每天参加劳动,强迫法轮功学员穿囚衣,强迫法轮功学员理光头,强迫法轮功学员佩戴罪犯胸卡等等。不准法轮功学员学法、炼功,如果不服从就会被遭受铐吊、毒打、辱骂、折磨等等各种手段的迫害。最恶毒的,最没有人性的是它们制造出来的“三全”转化手段。“三全”是指:“全日制、全方位、全封闭”地对法轮功学员进行体罚、殴打、洗脑,直至将人意志摧毁、逼迫在违心的情况下写保证书和“转化材料”,强迫“认罪”等。
闽西监狱进行了四次“三全转化方式”,前两次“三全”由副监狱长洪建军操控(具体时间是2001年3月17日─21日、2001年6月15日─19日),采取狱警24小时排班轮番找法轮功学员谈话、罚站、几天几夜不准睡觉、甚至吊铐等手段,强迫写保证书。
最后还是没有达到它所想要的转化目的。2002年的元月份被降职到了福建龙岩监狱当副监狱长,到了龙岩监狱后还非常疯狂。并扬言要在精神上摧垮大法学员陈荣辉,不让他炼功、不让他学法。但最后它还是没有达到目的。
2001年1月,徐琳珑遭中共漳州当局诬判七年重刑,投入福建闽西监狱关押迫害。到达监狱的当天晚上,监狱长洪建军、教育科石姓狱警等六、七人以谈话为题,威胁、逼迫徐琳珑妥协、放弃信仰。并诽谤大法和大法师父。
2003年5月份福建省监狱局副局长陈强同意,签发从闽西监狱的一中队把法轮功学员陈荣辉调到龙岩监狱,并由恶人洪建军副监狱长全权负责。
原厦门集美大学老师林成来,因抵制迫害,恶警教唆一群犯人将他按在地上群殴,监狱政委洪建军竟说“这不叫打人,这是在教育你,懂吗?”