肖卓是已落马的云南省委前书记秦光荣的老下属。一九九九年一月，秦光荣调任云南省委常委、政法委书记，五个月后，（一九九九年六月）肖卓调任云南省政法委办公室副主任、两年后升任政法委办公室主任。二零零七年一月秦光荣出任云南省省长，四个月后，肖卓调任云南省检察院副院长，二零一一年，秦光荣出任云南省委书记，之后，肖卓与秦光荣在云南长期做搭档。

一九九九年七月二十二日，江泽民流氓集团全面发动了对信仰“真善忍”的法轮功学员的迫害，时任政法委书记的秦光荣传达了邪党中央迫害法轮功的所谓“有关精神”，时任政法委办公室主任的肖卓积极配合秦光荣并操控公检法司在全省开始了对法轮功的全面迫害。对“法轮功辅导员”大抓捕、收缴法轮功书籍、挑动大批判、举办“洗脑班”、《反对××，崇尚文明》大型展览毒害广大民众。肖卓在云南省政法系统任职十七年之久，对云南省法轮功学员被残酷迫害难辞其咎。