于爱荣任职江苏省司法厅副厅长、省监狱管理局党委书记、局长期间,死心塌地地执行江泽民对法轮功残酷镇压“名誉上搞臭,肉体上消灭,经济上截断”的灭绝政策,法轮功学员在江苏省各监狱遭受强制转化和酷刑迫害,至少有十六名法轮功学员被监狱酷刑迫害后离世。
据明慧网报道的不完全统计,从一九九九年七月至二零一三年,江苏省法轮功学员遭非法判刑入狱迫害的515人次。于爱荣是江苏省迫害法轮功的主要责任人之一。