1995年至2002年中央政治局委员,上海市委书记。2002年中央政治局常委。2003年3月任国务院副总理。
2005年黄菊曾到长春市新华社区重庆街道办事处社区,街道办事处配合派出所骚扰到所有就近的大法弟子,就连已不在此地居住的都不放过。
2007年6月2日,江系“上海帮”的重要成员、中共政治局常委黄菊,在北京患胰腺癌病亡,年69岁。黄菊连一届“常委”都没做满就病死,这无疑是江泽民集团的一大凶兆。黄菊是迫害法轮功的中共高官,特别是在上海当权期间,卖力迫害法轮功,曾于2004年在爱尔兰被法轮功学员以“酷刑罪”告上法庭。