2007年任公安部驻吉林省督导组组长，专门负责督办吉林省进京访民的案件处理。按理说作为公安部的特派大员应为老百姓干点好事，可其却不然，一方面利用职权压制地方公安局，以进京访民过多影响北京稳定为由，向各级公安局施压，因他掌有生杀大权，各地没办法纷纷向其行贿。

一年来，水建平仅在长春市公安局敛财就达数十万元。另一方面他开始参与迫害法轮功了，仅2007年下半年，农安县就有6-7名农村法轮功学员被绑架和其直接干预有关，而且他还到处发号施令迫害法轮功。