巩玉山自９９年下半年以来主要分管迫害法轮功的有关“工作”，近两年来多次参与部署和指挥历城分局各派出所、治保会等部门残酷迫害大法弟子。２０００年１０月曾在历城看守所主持召开了对被非法关押的大法弟子的所谓"宽严大会"，对许多进京上访、和平请愿的大法弟子非法判以劳教三年。历城分局在巩玉山等邪恶之徒的领导下，以残暴迫害大法弟子而"著称"。２０００年下半年巩玉山又被派往山东公安驻北京办事处，非法抓捕、迫害济南大法弟子，犯下了不可饶恕的种种罪行。

2001年初正值年富力强的巩玉山突发脑血栓住济南市立二院治疗。