黄云山在东山任职期间,为了捞取政治资本,与县委书记等人配合,积极追随中共迫害法轮功,对法轮功学员采用封闭洗脑形式,威逼、利诱法轮功学员放弃对「真、善、忍」的信仰。成为全国推广的典型。
二零零一年,在东山县委(政法委)书记黄双庆、副书记兼县长黄云山等的积极策划下,亲自布置、到场蹲点。东山县法轮功学员林福生、黄惠芳、林武耀、张成俊等多名法轮功学员被强制关押洗脑。黄云山还上北京接受中共高层的奖励。