一九九九年七月二十日，中共发起了对法轮功的疯狂迫害运动，令于同智不解。于同智想法轮功是正法修炼，不但能使修炼者祛病健身、道德提高，而且是一部佛家上乘修炼大法，是超常的科学，对社会、对人民百利而无一害。作为身心受益的于同智，一定要为大法说句公道话。二零零一年，于同智踏上去北京的列车到信访办上访。在路过天安门广场东侧时，被警察劫持到天安门派出所，后又被带到青岛公安驻京办事处，当天又被带到莱西公安驻京办事处。第二天于同智从办事处跑出去，在广场被李国红截住。在办事处，沈涛、柳广宏、司机（家住河头店）对于同智进行殴打，他们用鞋跟、鞋底击打于同智脚、头、脸、眼、耳部直至发紫变色才罢休，于同智的耳膜破裂，眼球被打伤（当时，绕岭乡派出所副所长和于同智村于锡金在场）。回来后，他们又非法拘留于同智十五天，生活费自付七百元。

二零零四年八月份，因于同智写的思想汇报一直不符合他们的要求，队长杨某某找于同智谈话，说于同智思想不老实，在禁闭室又一次对于同智进行电击迫害，参与者有郭春清、教管股曲从还有一个不知姓名及几个犯人。第三天，省监狱、司法、省人大对二监区视察，他们为掩盖迫害真相，把于同智送往一监区禁闭室，其他法轮功学员也被转移到别的监区。