二零零三年六月六日，赵建设绝食三天后，因玄武区看守所没有懂灌食的医生，又将他非法转移关押到南京市看守所，这是一所专门关押待决重刑犯（十五年以上）的看守所，他被确定为严管的对像。关到惩治号房八区五号。

绝食三个月后到九月份，看守所恶警楼军（号称南京市看守所四大杀手之一）接管后更加残酷的迫害折磨。他每天高喊：“法轮大法好，法轮大法是正法。正告迫害法轮功学员的邪恶之徒立即停止对法轮功学员的迫害。”他的双手被平放在铺板，双腿伸直，由两名犯人轮番摁住一动不准动，一坐就是一天，放风时被拉到放风场一圈人围着被推来推去，如踢皮球一样。每天晚上一个半小时专门为他开文革式的批斗会，人人必须发言进行人身攻击和谩骂污辱。狱卒收买刽子手，恶警楼军用两条南京香烟（香烟在看守所属于奇缺物品，有的在押人员为了一支香烟就出卖了自己的良知）收买在押人员并以从轻判刑为诱饵，诱惑恶人梁忠、张超等对他进行摧残迫害。企图以法轮功学员的痛苦为代价，取得政绩窜上领导岗位。

恶警楼军指使犯人用大毛巾塞住他的嘴，使他连续数天没法说话。南京市玄武区法院王瑞芬等人来找他谈话，拿出毛巾时嘴已合不拢，舌头伸在外面收不回去。王瑞芬看到他被折磨得极其严重，不成人样，吃惊地摇头哀叹：“怎么弄成这样？会出大事情的。”看到根本没法谈话就离去了。