一九九九年七二零中共開始迫害法輪功後，馮擔任山西省所謂的「處理法輪功問題領導組」組長，選派人員參與省610辦的組建，並主持對全省法輪大法學員的清查摸底，壓制本系統的法輪大法學員，在全省範圍「紀律處分、組織處理」法輪功學員。其子馮征（現任省610辦主任）長期擔任山西省監獄局長，對全省監獄系統迫害大法學員，也難辭其責。後馮芝茂因多種問題反映，黯然離職；第二年其妻患重病死亡。

自中共江澤民政治流氓集團迫害法輪大法以來，山西省三個高官馮芝茂、金銀煥、金道銘參與迫害，使山西省法輪功學員受到嚴重迫害的同時，他們自己也連遭厄運，自食惡果：一人喪妻，一人車禍喪命，一人入獄。