在王军任兰州市委书记期间，兰州成为甘肃迫害法轮功学员最严重的地区，他积极推动建立了臭名昭著的龚家湾洗脑班，还参与编审了龚家湾洗脑班编辑整理的洗脑“教材”，这本“教材”在甘肃监狱、劳教所一直被当作主要的洗脑迫害法轮功学员的材料。

二零零二年三月至二零零四年十一月任中共甘肃省委常委、兰州市委书记、市人大主任。二零零四年十一月二十六日还端坐在甘青高速通车典礼主席台的甘肃省委常委、兰州市委书记王军，二零零四年十一月二十七日被甘肃省委因涉嫌腐败突然被就地免职。