一九九九年七月二十日以来，温国元一直紧跟恶党迫害法轮功学员。自二零零零年，月梅拘留所非法关押六十多名法轮功学员。温国元每天强迫法轮功学员做奴工十三、十四小时，对拒绝干奴工并坚持炼功的就整天吊铐在牢房的过道铁栏上。他还指使警员拳脚殴打和使用竹竿打炼功的法轮功学员。

温国元迫害大法弟子祸及家人，女儿得脑血管破裂，妻子于二零零七年罹患肺癌身亡。