一九九九年七月二十日后，积极参与破坏法轮大法和迫害法轮大法学员，有一次，黄晓菊对钢管厂法轮功学员抄家时，学员说：“修炼法轮功的人都是好人，你这样做要遭报应的。”可黄晓菊蛮横说：“你看我多好，怎么没遭报应。”

黄晓菊积极配合、参与对法轮功学员的迫害，收缴大法学员的大法书籍无数，带人到众多大法学员家进行非法抄家，逼迫大法学员签字写不修炼 「保证」，并参与对法轮功学员的非法劳教、刑拘、拘留等迫害。对她自认为是「重点」的法轮功学员，派人跟踪、监控，并非法私自拆看法轮功学员的信件，上门骚扰迫害。把坚修大法学员的退休工资转给该学员单位，再由单位发给学员，这样给单位领导和工作人员增加了不和与麻烦。