二零一四年三月二十二日被调查，二十八日被免职。

二零一五年十二月十八日，福建省厦门市中级法院公开开庭宣判，法庭认定被告人姚木根犯受贿罪，判处有期徒刑十三年，并没收个人财产人民币三百万元；对受贿犯罪所得财物予以追缴。姚木根当庭表示服从判决，不上诉。

表面上，姚木根是因受贿贪腐被判刑，实则是因他长期追随江泽民迫害法轮功的恶果。

姚木根一九九八年初至二零一三年下半年担任江西省政府办公厅副主任、副秘书长、办公厅主任、省政府副省长等职务，对江西省法轮功学员的迫害负有直接责任。

截止到二零一三年，江西省被迫害致死的法轮功学员四十八人，被非法骚扰、抄家、胁迫、勒索、监视住所、克扣工资、开除公职、绑架、拘留、劳教、判刑的法轮功学员则数以万计。