二零零八年九月至二零一七年十二月，祝玉华担任丽江市中级法院党组书记、院长期间，丽江市中级法院以及下属单位古城区法院对多名法轮功学员冤判。

以下是部份法轮功学员被其非法冤判的案例：

游全明，男，四川省彭州市法轮功学员，被非法判刑五年
肖丹凤，女，四川省彭州市法轮功学员，被非法判刑两次，各為三年、一年半。
游全芳，女，四川省彭州市法轮功学员，被非法判刑一年。

祝玉华被宣布调查前，其在丽江中院任职期间的数名下属先后落马。二零二零年四月，丽江市中级法院审判委员会委员、立案庭庭长杨廷江被“双开”并已移送司法机关。二零二零年七月七7日，丽江市中级法院副院长柳跃祥被宣布调查。

丽江市中级法院和玉龙县法院蓄意制造冤案，非法冤判法轮功学员廖建甫、付文德、周富明、宋南瑜。四位法轮功学员均上诉丽江市中院，但丽江市中院二审中，同样在没有任何法律依据和事实依据的情况下，维持玉龙县法院的枉法冤判。法轮功学员廖健甫于二零一九年三月十九日晚上九点在云南省第一监狱第十一分区被迫害致死。

廖建甫，男，四川省攀枝花市法轮功学员，被冤判四年，处罚金三千元。
宋南瑜，女，四川省攀枝花市法轮功学员，被冤判三年半，处罚金三千元。
付文德，男，四川省攀枝花市法轮功学员，被冤判三年半，处罚金三千元。
周富明，男，云南省丽江市华坪县法轮功学员，被冤判二年，处罚金二千元。