迫害初期，秦芝波负责监控南车及周围村的法轮功学员，表面很伪善，实际积极参与迫害法轮功学员，经常带领手下对其负责管辖的警区的法轮功学员进行监控、非法抄家、抓捕学员。采用收缴大法书籍及资料、送拘留所、劳教所、洗脑班、罚款、勒索法轮功学员钱财等手段威胁学员及家属，做了许多助纣为虐的事。

二零零一年三月，恶党要开“两会”，一天内，秦芝波等警协配以王杰训为首的当地政府官员，不择手段绑架石岛镇法轮功学员三十多人非法关押在石岛饭店一个多星期。

秦芝波昼夜带领恶警严管法轮功学员，不准下楼或随便走动，上厕所也无自由，还不断强迫法轮功学员观看邪党诽谤、诬陷法轮功的电视及自焚假案。