二零零零年元月，牟乃武被潍坊恶人非法劳教三年，关押在臭名昭著的潍坊昌乐劳教所。期间，因劳教所警察逼迫大法学员长期从事超负荷劳动，导致牟乃武血压升高到二百四十，劳教所怕出人命，将他保外就医。
自他保外就医后，潍坊市劳教所、公安局，尤其是安全局的警察经常到他家骚扰，给他与家人施加种种压力和恐吓。牟乃武的妻子代小萍被逼流离失所。
在邪恶的高压迫害下，二零零零年五月初，因修炼法轮功身体已经康复的牟乃武出现偏瘫症状，生活不能自理。就是这样，潍坊市那些紧追江氏集团迫害法轮功的不法官员仍不放过他，昧着良心，继续对他施加迫害。
二零零一年七月下旬的一天，流离失所的代小萍回家探望丈夫。晚九点多钟，代小萍正在洗澡，以潍坊市国家安全局长姜言林为首的国安特务采用卑鄙手段，先让熟人骗开他家的门，然后藏在暗处的特务们趁机冲进屋内，蛮横地用脚踹开卫生间的门，粗暴地将只穿着裤头与背心的代小萍强行抬上车。
牟乃武制止歹徒们的暴行，他们便残忍地将行走不便、生活不能自理的他也一起绑架到安全局，恶警们又将电脑等物品抄走。之后他们将牟乃武拉到昌乐劳教所对他强行洗脑转化。
在突如其来的打击和劳教所警察的高压迫害下，致使牟乃武在短短的几天内身体状况便急剧恶化，劳教所又慌忙将他送回了家。而其妻子代小萍却被送往王村劳教所非法劳教三年（一年多后被所外就医）。生活不能自理的他和上初中的女儿无亲人照顾，其境况之艰难可想而知。几年来，他的人身自由一直遭到侵犯，他的住处长期被监视。
二零零二年过年前两天，当地法轮功学员邢小玲到他家串门，被恶人发现后，他们不顾牟乃武不堪惊吓的现实，粗暴地撬开他家的门，强行将邢小玲直接绑架到王村劳教所。恶警并企图将牟乃武也一起带走，后在牟乃武女儿的苦苦哀求下，恶警才没有带他，但威胁他说“你不老实，等以后收拾你”。此事再次给他的身心造成了严重的伤害。
与大陆许多大法弟子一样，自一九九九年十月开始，牟乃武也遭受着江氏集团邪恶的“经济上截断”政策的迫害。五年来，其原工作单位（潍坊纺织技校）与现工作单位（潍坊学院）没发给他一分钱，妻子代小萍于一九九九年十月因不放弃修炼被其工作单位（潍坊第二印染厂）非法开除，无经济收入，而女儿正在上高中，家庭经济十分拮据。
二零零三年十月底，潍坊纺织技校划归为潍坊学院，牟乃武便向潍坊学院物理系的有关领导反映情况，要求发给工资以保证其家庭能正常生活。可是系里的有关领导却铁着心肠，硬逼着他写一份不炼法轮功的“保证“。牟乃武没有配合，于二零零四年五月实事求是写了一份正面介绍法轮大法的材料交上，结果招致该院有关干部的无理施压，强令他重写。牟乃武于六月六日又写了一份自己“为什么要坚持修炼”的材料，交上后，物理系有关干部打电话告诉说：潍坊市610办公室指示，不准发给牟乃武工资，……一次又一次无端而又残酷的打击，使牟乃武已受极度摧残的身心健康雪上加霜，出现了脑出血的症状。
在遭受了非法劳教、多次的绑架、骚扰、恐吓和经济上截断等种种无端迫害后，牟乃武于二零零四年六月十三日凌晨两点多钟含冤离世。
牟乃武的妻子代小萍及尚未成年的女儿生活无着落，处境凄惨。她们母女及家人要求潍坊学院补发牟乃武被非法扣发的5年工资，但单位有关官员不仅不予以答覆，反而无理地给牟乃武扣上一顶“反党”的帽子，说什么：“我们不能发给反对××党的人工资……”牟乃武的家属严肃地告诉他们：“牟乃武炼法轮功不是反党，反对的只是镇压法轮功这件事情，……”但单位干部根本不听。
http://www.minghui.org/mh/articles/2015/7/18/山东潍坊市法轮功学员被酷刑致死伤残案例-312596.html
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http://minghui.ca/mh/articles/2009/7/20/204884.html
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http://www.minghui.org/mh/articles/2006/10/20/140610.html
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http://www.minghui.org/mh/articles/2006/7/29/134276.html
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http://minghui.ca/mh/articles/2006/3/22/123456.html
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http://www.minghui.org/mh/articles/2006/3/9/122440.html
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http://minghui.org/mh/articles/2005/7/25/106883.html
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http://www.minghui.org/mh/articles/2004/8/19/82125.html
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http://www.minghui.org/mh/articles/2004/6/17/77280.html
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http://minghui.org/mh/articles/2001/8/30/15660.html#chinanews0830-28
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http://www.minghui.org/mh/articles/2000/9/21/1640.html