一九九九年七月二十日中共江××流氓政治集团迫害法轮功后,短短三个月,万继祥就被非法抓捕关押三次共四十七天,关押期间工资停发,交看守所生活费六百元;强迫交保证金五千元(押金),身心受到极大伤害。“唉,那罪犯人性全无,隆冬雪天逼他穿灌满冰水的鞋,赤脚长时间站在冰水桶里,人冻得哆嗦不止。用烟头烫得胳膊上大疤小洞的。几个五大三粗犯人围着他拳打脚踢,几次被打得昏死过去……说得难受,不说了。”东马坊菜市场的人们这样说。
二零零一年元月,万继祥被应城市东马坊派出所强行绑架到应城市第一看守所,他的养父因此受到惊吓,处于极度恐慌之中,最后含冤去世;同年九月,东马坊派出所和610办公室又去非法抄家抓人,万继祥被迫离家出走。
在流离失所八个月后,万继祥在武汉钟家村被公安一处非法抓捕,恶警陈长明带着约十人对万继祥非法审讯,把万继祥按在地上,踩住他的头戴上了脚镣手铐,另一恶警还用打火机烧万继祥的下巴。万继祥先后被非法关押在汉阳第二看守所、蔡甸看守所。在蔡甸看守所,警察唆使监号里的犯人李玉华对万继祥百般折磨,整天拳打脚踢,往面部、头部、耳朵处狠狠的打。万继祥满脸被毒打的青紫肿块,左耳朵从此没有了听觉。
二零零三年六月二十八日,万继祥被非法判刑送往琴断口监狱迫害。恶警指使刑事犯对万继祥拳打脚踢,罚蹲军姿、并威胁说:“一个星期不转化,就往死里整。”在极度的精神压力和超负荷体力劳动的双重迫害下,万继祥头发花白,左耳根部疼痛加剧,而且发现咽喉软组织处有一包块逐渐肿大,异常疼痛,后被医院确诊为鼻咽癌。琴断口监狱不愿承担昂贵的医疗费用,更害怕万继祥死在监狱里,为推脱责任,他们要万继祥的单位、家人及当地派出所办理保外就医,应城市公安局国保大队聂么山一拖再拖。在家人的几次不断强烈要求下,以及海外和大陆大法弟子不断的打电话讲真相要求放人的情况下,万继祥于二零零四年保外就医。
回来后,万继祥已被单位开除工作,生活无着落,身体疼痛加剧,极度虚弱,生活无法自理,于二零零五年五月二十四日清晨去世。