1999年7月，江泽民开始了对法轮功学员的疯狂迫害，受命的恶警多次窜到孙鸿飞家，骗开其家门，四次将其送往东城区七里渠拘留所关押。她2000年和2001年两年的农历新年都是在大牢中度过的。

2001年8月底，孙鸿飞为避开恶警的不断骚扰，躲到了乡下亲戚家中，被原北新桥派出所恶警周副东（音）探知，伙同该所8名警察开一辆大面包车，将她从乡下抓进东城区610办的洗脑班。在610头头梁军（女）、苏广交的威逼下对她强制进行了为期三周的洗脑，使其身心受到严重摧残，本已康复的身体又被迫害得卧床不起，放回家时生活已不能自理。

2002年2月10日过年前夕，一帮恶警第6次骗开门闯入家中抄家，并将孙鸿飞丈夫从家中抓走……再一次的沉重打击使孙鸿飞的身体更加衰弱，在得知丈夫王思礼（大法弟子）被以莫须有的“扰乱社会治安”罪名判一年半劳教后，孙鸿飞悲愤交加，于2002年4月10日，含冤离开人世。