2000年9月30日，高玉琴去北京天安门证实法，被非法抓捕，劫持回吉林市看守所关押1个多月。在2000年11月初被非法劳教三年，劫持到长春黑嘴子劳教所迫害。出现了严重心脑疾病，经家属多方求救，在2001年农历新年前几天才保外就医回家。

2004年1月，高玉琴与大法弟子去沙河子发真相资料，被70多岁老头举报，被610恶警10多人抬上警车，劫持到龙潭派出所，非法关押在铁笼子里3天，家属拿来几千元钱，才放人回家。

由于长期处于恶劣环境，多次被恶警绑架、抄家，恶警、610、居委会经常上门或打电话威胁，高玉琴身体和精神严重受到摧残，肾病复发，于2006年3月19日去世。