二零零一年,二二四医院以院长刘英山为首的不法之徒,为捞取政治资本,对本院法轮功学员及全院职工进行新一轮的迫害。
二零零一年七月,在恶党政委于涛、政治处主任杨传宝的直接策划下,王纪平被非法关押在佳木斯五四五仓库长达一个月,他的档案被强行打到佳木斯市地方部门,又被扣发了中级职称证书。
二零零四年九月二十九日,王纪平和妻子赵文麟在回老家梧桐河农场时,去发放真相资料被不明真相的世人举报,被当地公安恶警劫持。妻子赵文麟被非法关押到宝泉岭管局看守所,王纪平被二二四医院政委于涛和政治处主任杨传宝等七人接回,非法禁闭在二二四医院原信息科。开始是由两个人看守,后增加为七人。他们还到王纪平家非法抄家,恐吓王纪平提供更多的所谓“线索”,企图加重迫害。王纪平就以绝食绝水的方式抵制迫害。期间,刘英山院长找来四、五个军人,强按着给他打安眠药,然后由麻醉科主任韩玉生实施麻醉后输液。王纪平还曾被野蛮灌食,强制下鼻饲;王纪平的血压已升至200/140mmHg,极易出现生命危险的情况下,为了不让他出声,医务处主任刘某还用力按住王纪平的喉部,令其几近窒息。有时松开一下,再按。
二零零四年十月九日早晨,王纪平从重重围困中走脱,后流离失所。沈阳军区特派沈阳军区联勤部保卫处处长宋伟成及“610办公室”主任卫东两个“大校”级人物到佳木斯蹲点搜查王纪平。佳木斯市“610”主任刘衍、佳木斯市公安局恶人陈万友、佳木斯市前进公安分局及下属多个派出所(站前派出所、中山派出所等)积极配合非法搜捕。期间在佳木斯市各大路口设卡,甚至还出动武警蹲点盘查,并四处散发传单,悬赏升至十万。在二二四医院附近挨家搜捕,并监视了王纪平的父母家和岳父家,还在其岳父家附近蹲坑,给王纪平的亲人造成了极大的伤害;同时跟踪认为与王纪平有关的法轮功学员。王纪平的妻子赵文麟在被非法关押期间,警方和军方扬言要对她非法判刑二年。一番威逼利诱后,将她放回来实施监控,并胁迫她配合恶人追捕丈夫王纪平。
二零零四年十月二十二日,王纪平遭强行绑架,并于当天被非法押往沈阳。王纪平被固定铐在火车上,还不许上厕所。最后,王纪平被沈阳军区政治部非法劳教三年。
王纪平在沈阳军区联勤部看守所自二零零四年十月一直被非法关押到二零零五年一月;二零零五年一月至二零零六年八月,王纪平被非法转押到沈阳军区后勤部看守所;二零零六年八月至二零零六年十二月,王纪平被非法关押在联勤部看守所。
在被非法关押期间,一拨又一拨的人来给王纪平施加压力,“转化”王纪平,强制他写污蔑师父和大法的“思想汇报”。看守所还不让他吃饱饭。对于在军队内如何迫害被非法关押法轮功学员的更多细节,至今尚不知晓。后来王纪平在长期的非法关押和迫害中,出现血压极度升高,并出现了肾功能衰竭和尿毒症症状,在王纪平生命十分危急的情况下,邪恶也不放他回家。
二零零六年十二月,王纪平因病重而提前几个月回家,当时他的身体非常虚弱,双目几近失明。转年被部队强制复员,失去工作;住房被部队收回,居无定所。
在邪党恶人的威逼利诱下,王纪平的妻子不仅放弃了修炼,还曾被胁迫着配合恶人追捕王纪平,最后与他办理了离婚手续。
二零零九年二月四日,王纪平含冤离世。