一九九九年七月二十日,中共党魁江泽民一意孤行开始了对法轮功的迫害,实施“名誉上搞垮,经济上截断,肉体上消灭”的灭绝政策。同年十二月,杨凤莲去北京上访为法轮功讨说法,在天安门广场被警察非法抓捕,当时警察连踢带打,把她打昏了,上车后才苏醒过来,后被分流在常山劳教所。杨凤莲说了地址后,被鸡东县公安局警察劫持回当地。鸡东镇平阳乡副乡长和秘书来家中勒索现金三千三百元,鸡东县公安局又勒索现金二千元。
二零一一年八月间,杨凤莲发真相资料时,被恶人诬告,遭鸡东县公安局警察绑架,关进鸡东看守所。为抵制迫害,杨凤莲绝食抗议。看守所指使一个朝鲜族的女犯给她注射了不明药物。很快被打针的地方开始起大包,有八、九公分那么大。后来就开始溃烂。
杨凤莲被迫害得不省人事,已经无法行走了才通知家人去接,只说器官衰竭。她儿子去接时看见他妈妈躺在地上不能动,心里痛苦至极。他儿子打车将杨凤莲送到鸡西矿总院,矿总院的医生看到这么严重的病患没收留。又转到鸡西卫校,被诊断脑淤血,住了二十天也没治好。那些医护人员又说杨凤莲是抑郁症让转院,再转到鸡西市城子河区的一个精神病院,到医院后就将其四肢绑在床上。丈夫说她没有精神病史,看到妻子承受折磨,住了两天就出院了。总共花去两万多元钱,也没治好。因没钱医治也没再转院。
回家后,杨凤莲连饭也吃不下去,走路非常困难,身体溃烂的地方一直流水,其它部位还有包块,被折磨得痛苦不堪。在精神和肉体的双重迫害中,三年后的二零一四年十二月二十四日杨凤莲含冤离世。