2000年2月23日,毕加新因进京上访在火车站被铁路分局非法抓捕,经永红分局送看守所无理关押60多天,被永红分局石秀文、郭维山勒索人民币2000元。警车加油钱50元。永红分局一恶警勒索500元,看守所收所谓的伙食费500元。
2000年9月25日,毕加新因在外面练功,被莲江口派出所抓去,后被永红分局石秀文带回,搜身搜去80元钱。被非法拘留50多天,在所里因绝食被带脚镣、手铐等,多次被强行灌食,并被扒光衣服浇凉水,直至昏迷。释放时被永红分局一恶警勒索300元人民币。
2000年年底,毕加新因进京证实法,被送北京西城看守所,搜去36元钱。12月29日被永红分局带回,拘留。2001年1月3日被非法劳教一年。
2002年4月19日,毕加新因张贴大法真相资料,被佳木斯莲江口派出所绑架,因他不说姓名,遭到派出所恶警殴打。后来被关押到佳市看守所刑事号里,每天两顿饭,一个窝头,连菜汤都喝不上几口,大小便都限制,到时间还要所谓的“反省”。犯人逼迫他背监规,因为他不背,被犯人用皮鞋狠踢腰部,痛了好长时间,连晚上翻身都困难。
2002年4月27日,毕加新等四十三名大法弟子被非法判劳教送到佳木斯劳教所。这些被非法劳教的大法弟子,连判决书都没看到,也不知道被判几年。
毕加新和其他男同修被分到专门迫害法轮功学员的二中队,劳教所强迫他们白天不许坐在床上,都必须坐在小凳上,连一句话都不让说,由犯人看着。每天被强迫集训、跑操、学监规,看洗脑录像等。劳教所还利用叛徒,几个人围攻一个,妄图给刚来的大法学员洗脑。毕加新等大法弟子抵制劳教所的迫害,坚持炼功,被管教强行阻止。大法弟子们只好绝食抗议,几天后,他们被强行插管灌食。
管理科徐荣基和大队长刘洪光逼迫毕加新等几位同修天天坐在小凳上,规定姿势,不许动,不许说话,不许闭眼,屋里有人轮流看管,外面有溜廊的,而且有警察值班,在里面监视。这几位大法学员每天被逼迫坐小凳长达二十小时,睡觉很少,就是这点睡觉时间,也还被不断地打扰。
绝食抗议期间,干警轮番找大法弟子们谈话,大法弟子们为抗议无理关押迫害,没有屈服。后来干警以“关心”为名,强行给毕加新用药、灌肠、打吊瓶等,结果使他拉肚子三个多月,日渐消瘦,牙齿全部松动,到最后吃不下饭,只喝点菜汤,头昏脑胀,浑身无力,骨瘦如柴,而且经常大便失禁拉在裤子里,一切全靠功友照料。在这种情况下,劳教所怕人死在里面,于2002年10月,给毕加新办了保外就医。
毕加新在被非法劳教期间,当地政府不法人员逼迫其妻与他离婚。毕加新从劳教所出来后,无处安身且身体虚弱。同修知道这个情况后,接毕加新到一出租房屋里和功友一起住,并由功友照顾,身体有所恢复,但一直拉肚子。
2002年12月25日左右,毕加新住的房屋被前进区公安分局恶警查抄,损失两台光盘拷贝机和一些光盘。前进分局恶警对他和另一同修张普贺进行酷刑折磨,并将他们送往看守所关押。由于毕加新身体已被折磨得极度虚弱,2003年1月16日被送回家。
十日后,2003年1月26日,毕加新在家中去世。