二零零一年十月至二零一一年八月，白恩培任云南省邪党委书记。

前云南省设计院工程师王晓华第二次被绑架回昆明后（当时云南省委书记是白恩培，他迫害大法弟子十分卖力，实施建设的“云南省法轮功转化基地”就是他任期内的事，二零零零年以前是青海省委书记），恼羞成怒的“610”警察把王晓华再一次关进了昆明五华看守所。

白恩培在云南省任省委书记期间，至少有十一名法轮功学员被迫害致死：黄菊美、陈淑秋、曾绍兰、付琼仙、桂明芬、张凤仙、杨绍奎、杨苏红、蔡邦花、史喜芝、沈跃萍、王莲芝，其中，云南女子第二监狱迫害致死三名法轮功学员。

一九九九年七月至二零零六年，在云南省历年邪党工作报告和云南省政府工作报告中都提到要把打击（迫害）法轮功作为重点，以致全省各州、市、县、区、乡镇都把迫害法轮功作为工作的重中之重，各级邪党组织、政府、各企事业单位、厂矿、学校都把大量的财力、物力、人力投入其中。白恩培对法轮功的迫害犯下了反人类罪、酷刑罪、群体灭绝罪等国际法规定的罪行。