马志军曾担任过于田县委书记等职。二零二一年五月，马志军卸任新疆维吾尔自治区政协和田地区工作委员会副主任，后履新乌鲁木齐市委常委、政法委书记，并至迟于二零二二年出任乌鲁木齐市委副书记、政法委书记。

二零二五年十一月十日新疆维吾尔自治区通报称：新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市委副书记、政法委书记马志军涉嫌严重违纪违法，目前正被查。