期间，冯亚军追随中共迫害法轮功，对当地迫害法轮功学员的事件负有领导责任。

二零一四年九月十三日江苏省媒体报道，原江苏省南京市建邺区委书记冯亚军被查。

以下是冯亚军在二零零一年十二月至二零一一年六月任江苏省南京市秦淮区区长、代区长期间，法轮功学员被迫害的部分事实：

二零一零年五月一日把法轮功学员夏建国（男，60岁左右）、孙某（女，约45岁）、葛风（女，56岁）、樊某（女，58岁）四人被送秦淮区南光宾馆市六一零洗脑班。张玉华（女，55岁左右）被送劳教一年半，马振宇（男，56岁左右）至今不知去向。

二零一零年四月二十九日，在南京市秦淮区来凤街上班的法轮功学员喻燕玲看明慧网被网络警察发现，现被非法关押在南京市茶亭街看守所（即南京市看守所），请知情者补充。

二零零七年十月十三日明慧网报道，江苏省南京秦淮区大法弟子李建平因修炼大法被六一零、公安、看守所等多方趁火打劫勒索钱财。

二零零七年四月三十日明慧网报道，南京大法弟子李建平是南京私营企业的老板，修炼大法后，严格按“真善忍”要求归正自己的行为，经营中注重职业道德，企业经营良好。李建平因修炼大法多次被南京市、秦淮区六一零、公安局，秦淮区双塘派出所抄家、抓捕拘留，关押看守所、洗脑班等地，期间部分人员乘机以罚款、敲诈等手段索要钱财，他们不断的监控、找茬，还逼迫家人以房产抵押，威逼、要挟终止修炼。全家陷入极度的精神恐惧与痛苦之中。

二零零七年十月十日明慧网报道，南京秦淮区七十五岁的老年大法弟子迟淑珍八月中旬被秦淮区六一零及秦淮区公安分局、当地派出所恶警绑架，后下落不明。