1997年12月18日任中共临沂市委副书记、市长，2001年1月任中共莱芜市委书记、人大常委会主任，2006年1月任副省长，2007年6月，任常委，次月兼任省委组织部长，2010年7月任常委、组织部部长，2017年1月任广东省人大常委会主任等闲职。

在1999年5-6月间，李玉妹即积极参加迫害，其任职的山东临沂，市中心有个东方红广场，是当时最大的炼功点之一，李玉妹先恐吓各基层单位，说公安在东方红广场对面架摄像机，拍到哪个单位的人去炼功，就处分哪个单位的领导，在法轮功学员和其单位之间煽动仇恨。

后又派大批城管在东方红广场暴力驱赶晨炼的法轮功学员，当时约是5-6月，现场炼功人2-3百人左右。

李玉妹离开临沂前，在临沂多次办洗脑班，有针织厂等单位、党校、蒙阴等等地点，以毒打等等方式进行迫害。

将临沂市兰山区洗砚池小学教师董步云被迫害致死后，又将其弟弟送到精神病院。

李玉妹到莱芜后，还曾想模仿纳粹建集中营关押法轮功学员。

2006年以来，山东境内发生的多起对法轮功学员的迫害与李玉妹有很大关系。李玉妹在临沂任职期间，参与迫害法轮功学员和社会上的下岗的弱势群体，两次被「追查国际」通告。