自从一九九九年中共迫害法轮功以来，马仕俊积极参与迫害法轮功。在马仕俊指使下，金州区警察采取监视、跟踪、电话骚扰、绑架、非法拘留等手段迫害法轮功学员。截止2000年12月份，金州区有几百名法轮功学员被非法拘留、判刑、劳教。马仕俊是金州区迫害法轮功的元凶。

马仕俊在任瓦房店市公安局局长期间，在当地口碑极差，被当地人称为恶人。

上世纪90年代，马仕俊在任瓦房店市公安局局长期间，利用职务之便，奸淫OK厅小姐，据当地人跟踪核实，被他奸淫的有名、有姓、有住址的小姐超过300人。

由于不断作恶，马仕俊遭到恶报，身患脑血栓，已不能行走。