二零零四年六月，广东省四会监狱成立法轮功“专管队”，九月，司法部副部长吴爱英即来视察“转化”。

湖北省女子劳教所名为“阳光劳教所”，二零零五年十一月，司法部部长吴爱英要来“视察”，劳教所提前三天打扫卫生，突击购物进行装饰，给每个房间配上窗帘，临时布置阅读室、活动室，配置麻将桌、乒乓球桌等用来装点门面，做样子。

二零零八年，司法部长吴爱英在中央电视台“焦点谎谈录”部长访谈中，谈到中共监狱犯人改好率达到95％以上，是全世界最好的！所有的犯人看了都在笑，都说吴爱英是不是搞反了，改好率最多只有5％，中共一直对外宣称对犯人的劳动改造是“赎罪劳动”，而实际上是“交换劳动”也就是劳动挣分减刑而已，如果共产党敢宣布监狱犯人不减刑了，你看看监狱能不能管理的了？

二零零九年五月十八日至十九日，在京召开的全国劳教工作会议上，中共司法部部长吴爱英指出：“劳动教养制度是一项具有中国特色的社会主义法律制度。

二零一二年五月十一日，司法部部长吴爱英到无锡监狱参观时，早晨狱警鲍俊斌带领四名犯人把法轮功学员赵建设转移到有电视机的房间让他看几年没见过面的电视。监狱在吴爱英部长到来之前一个月做了全新布置，粉刷了所有墙壁，清洗了地面，添置了鲜花，购买了电视机等物品。

法轮功学员赵建设准备质问女司法部长：同是潍坊人，在你的任期内掌管的监狱犹如地狱，疯狂如魔窟，你的老乡在这里经受了无锡监狱成立七十多年来狱中遭受痛苦折磨最为严重的一个，创下了无锡监狱史上摧残迫害虐待被监管人员的无数个第一。你想知道监狱基层的真实情况吗？结果当天赵建设被秘密转移到一个房间由狱警鲍俊斌与四名犯人围他坐了一圈。根本没有机会见到司法部长。

据明慧网报道北京市怀柔区法轮功学员孙福义被关到前进监狱。

孙福义二零一六年一月因为在北京市顺义石门市场买东西，家人给了别人一点资料被举报，警察来现场将陪伴家人的孙福义抓走，并抄了家，被关在顺义泥河看守所。2016年12月28日被顺义法院冤判三年，上诉后被三中院维持原判。之后转到北京市第二监狱，目前又被转到前进监狱。

据明慧网报道，前进监狱迫害了很多的北京法轮功学员。以前用于非法关押法轮功学员的先后有一、八、九、十二分监区。目前，迫害法轮功学员的分监区集中在一、三两个分监区。前进监狱分监区狱警残酷迫害法轮功学员，靠迫害法轮功起家的司法部长吴爱英、北京市监管局清河分局局长王金亮和前进监狱狱长和部分狱警，都负有不可推卸的责任。

明慧网二零一七年二月二十七日大陆综合消息，天津前进监狱一分监区、三分监区现非法关押法轮功学员40多人。

据不完全统计，在吴爱英执掌司法部期间，在中共的严密封锁下，通过民间途径能够传出消息的，并已核实的至少有555人被迫害致死，其中劳教所347人，监狱208人。（这个数字仅仅是实际迫害致死案例的冰山一角，远非所有案例的全部。就如同当年纳粹集中营的死亡案例一样，实际数字有待迫害结束后更广泛而深入的调查取证。）这些迫害致死案例，其中为数可观的法轮功学员是由于遭受酷刑死于中共的监狱、劳教所。

二零一七年十 月被中共抛弃，据悉被降为副局级非领导职务。
吴爱英是中共江泽民集团迫害法轮功的重要成员，她曾长期在山东省担任要职，并在司法部担任副部长和部长长达13年多。然而无论在哪里任职，她都积极执行中共江泽民集团对法轮功的迫害政策，以此作为仕途升迁的资本。在中共及江泽民集团迫害法轮功的这些年中，她不仅是执行迫害政策的帮凶，也是制定迫害政策的主谋，她对法轮功犯下了不可饶恕的罪行。