黄树祥在任期间用极其残忍的手段对待大法弟子，共计非法抓捕大法弟子几十人次。其中被迫害严重的有：石孟伟，张守芬，刘配才，孙艳，吴东升，刘为英，周艳等。

2000年12月26日傍晚，片警上门质问法轮功学员是否炼功，并把人绑架到派出所，拘留所，被绑架的有三十多人，板铺睡不下，就在地上又不让家人送行李，只能和衣而卧在寒冷的深夜里盼着天明，农场副书记崔伟亲口说，让你们尿血，六一零主任黄树祥亲自到洗脑班督阵，每天写思想认识，主管人员还有王建军，若发现谁晚上坐着不躺下，就罚站到半夜，或把手举到头顶站着不许动，有几回男学员就被他们推到门外，三九天在雪地里站着，还让法轮功学员骂师父，骂大法。后来六一零主任黄淑祥因儿子问题涉及到他被罢免在家，李建军也在车祸中险些丧命。

黄树祥的儿子黄宝海（也在洗脑班工作）值班时，不让法轮功学员上厕所，法轮功学员被逼无奈，只好往塑料袋里便，再顺窗口扔出去。这种情况一直延续到上边来检查工作时，法轮功学员把这种迫害揭露出来后，才有所改善。

法轮功学员吴东升在绝食抗议期间，单位领导来看她，送了一箱桔子、一箱苹果、一箱八宝粥和饼干，被洗脑班头目黄树祥以检查之名全部扣留。她向黄树祥索要，他说：“等你能吃东西时再给你。”见他不给，吴东升就写了一封信告诉他这样做不好。他看到信后，便把一箱苹果和一箱八宝粥还给她。

回到七星农场洗脑班后，洗脑班主任黄树祥找来六、七个犯人，将吴东升抬到一间小屋里按到床上，强制给她野蛮灌食。被灌进去的奶粉与盐水混合物全部从嘴里喷出来，还带着一些血。他们看灌不进去食物，又强行给她打针，打的是什么不清楚。

2002年4月15日上午九点左右，片警张迎军和一名不知姓名的民警闯入周艳家说让她去参加所谓座谈会，实际他们把她带到新成立的洗脑班，到那一看，同她一样被欺骗的大法学员已经有二十多人，随后又有同修被陆续骗进来，共计有四十多人，都被关在两个大屋子里。上午十点多钟，610的头目李振彪和黄树祥等人，对她们每个人进行所谓的谈话，并让她们每个人签字（不炼功的保证）。凡是签字不炼的，在五点至八点钟，让家人领回家。没有签字的就继续关押，声称给这些人办班（洗脑班），直到转化为止。

2002年4月17日，周艳和另外六、七位同修被转押到建三江七星农场拘留所关押。他们对她审问，做笔录，当时参加调查她的是创业农场公安局副局长刘长河和610副主任黄树祥。

2004年12月7日，黑龙江建三江分局610邪恶组织负责人包军、黄树祥、调动分局一、二警区片警再一次肆无忌惮的绑架法轮功学员张守芬、刘为英、刘配才。

他们闯进大法弟子家，无任何理由、无法律程序进行蛮横无理的绑架，这些人民警察平日高喊以法行政、对大法弟子绑架却没有法律依据。

12月7日下午，四名警察非法闯进法轮功学员张守芬家进行绑架，他们说是上面的命令，就连拉带拽把她绑架到洗脑班（七星拘留所）进行非法迫害。在2000年张守芬曾被非法劳教2年，2002年又在洗脑班超期关押2年多，回家不到3个月，就再一次被绑架、关押。

法轮功学员刘为英上街买菜半路被5名警察绑架到洗脑班进行非法迫害。刘为英在2002年5月被以办洗脑班为由，被恶人非法关押，于2003年7月回家，在2004年春又一次被绑架，她绝食数天后被放回家。这次是第三次绑架。