一九九九年十月末，朱明军到北京为法轮功鸣冤上访，被前门地铁派出所警察拦住，强问到北京的原因，当告知是法轮功上访者，即被非法限制人身自由达几个小时，后来由双鸭山驻京办事处的一位刘姓科长非法押到双鸭山驻京办事处非法限制人身自由十多日，后由宝清县内保科长杨玉林等人非法押到宝清县。在押他回来的车上，宝清县公安局长李杰（音）、政保科长韩广庆问他还炼不炼法轮功，因他回答「炼」，他们就把他非法关押在宝清县第二看守所，戴手铐、脚镣长约半个多月，连睡觉都不给拿下。

有一次，政保科副科长吴丽还因他常面带微笑，对他大吼：「朱明军，我叫你笑，到时候叫你哭都找不着调。」